Logo no começo, Harry e seu primo Dudley são atacados por dois dementors em Privet Drive. Harry consegue produzir um Patronus e salva os dois, mas acaba descobrindo que existem pessoas na vizinhança que são mágicos plantados por Dumbledore para protegê-lo. Por usar mágica fora da escola, Harry recebe imediatamente um comunicado do Ministro da Magia expulsando-o de Hogwarts - seguido por outros vários comunicados, que acabam por marcar uma audiência onde Harry será julgado. Fudge está em campanha contra Harry e Dumbledore, ele continua se recusando a acreditar que Voldermort está de volta, e tenta desacreditá-los a todo custo. Estudantes podem usar mágica para defesa em situações de risco, mas Fudge e outros membros do Ministry dizem que Harry inventou o ataque dos dementors. Dumbledore acaba trazendo testemunhas e Harry é declarado inocente.
Harry passa o resto das suas férias com Ron, Hermione e os Weasleys na sede da Ordem da Fênix, a sociedade de mágicos que luta contra Voldermort e que estava protegendo Harry. Ron e Hermione são escolhidos Prefeitos este ano. Mrs Weasley fica feliz da vida e compra uma nova Cleansweep para Ron. Nem tudo está bem para a família Weasley: Percy não está mais falando com nenhum deles, pois ele confia em Fudge (foi promovido por ele a seu assistente) e diz que eles são todos loucos de apoiar Dumbledore. Assim, cada vez que pronunciassem o nome de Percy, o senhor e senhora Weasley estremeciam e mudavam de conversa.
As aulas recomeçam e para desgosto de todos, a nova professora de Defesa contra as artes negras é Dolores Umbrige, membro do Ministério da Magia e que passa o ano infernizando a vida dos estudantes e professores (ela estava na audiência de Harry, e no final das contas, foi ela que enviou os dementors para arrumar um pretexto para expulsá-lo). Fudge continua obcecado com a idéia que Dumbledore está contra ele, e vai aprovando várias leis dando poderes a Umbridge, que como High Inquisitor tem direito desde dar permissão para os estudantes jogarem Quidditch a demitir professores e decidir punições.
Assim, Harry, Fred e George Weasley são banidos da equipa de Quidditch, depois que eles enfurecidos pelas provocações no jogo contra Slytherin, partem para cima de Malfoy. Ron, que agora é keeper da equipa, apesar de jogar bem nos treinos, não consegue fazer nenhuma defesa durante os jogos - ele simplesmente se desespera com o público assistindo as partidas. E claro, isso é agravado pelos Slytherins, que criam uma música especialmente para deixá-lo ainda mais nervoso, chamada Weasley is our king. No último jogo, porém, ele consegue finalmente defender e Ginny, jogando como seeker no lugar de Harry, agarra a snitch de ouro, dando a vitória do campeonato a Gryffindor.
Hagrid, que esteve desaparecido no começo das aulas, reaparece com várias injúrias físicas, e assim permanece por um bom tempo. Depois, Harry e Hermione são apresentados ao motivo: Grawp, o gigante meio-irmão de Hagrid, que ele trouxe das montanhas, quando não conseguiu convencer os gigantes a ajudar Dumbledore (os seguidores de Voldermort conseguiram convencer os gigantes). Ele escondeu seu "irmãozinho" na floresta, e está a tentar tornar o gigante "civilizado", ensinando-lhe Inglês.
Como Umbridge é a nova professora de Defense Against Dark Arts e suas aulas são somente teóricas - Fudge não quer que os estudantes aprendam esse tipo de mágica, já que teme que seja usada contra ele - Harry se torna o líder do D.A.( Dumbledore''s Army ), um grupo que se reúne secretamente para aprender o que Umbridge deveria estar ensinando. Como Harry já teve que se confrontar diversas vezes com Voldermort e seus seguidores, ele ensina ao grupo os encantamentos e feitiços que usou. 25 estudantes são membros do grupo, além de Harry, Ron e Hermione. Neville é um dos mais aplicados, e consegue ser quase tão bom quanto Hermione.
Harry finalmente toma coragem e se aproxima de Cho Chang, e ela, lavada em lágrimas,eija-o no final de um dos encontros do D.A. e combinam um encontro no dia dos namorados, em Hogsmead. Mas o momento romântico pára por aí: Cho está confusa por causa de Cedric e Harry não é muito sensível com os sentimentos femininos. Eles passam boa parte do ano discutindo, e no final, ela começa a sair com outro rapaz e Harry não lhe liga muito.
Desde o começo das aulas, os estudantes se dividem: a maioria não acredita em Harry e Dumbledore, nem na história que Voldermort está de volta. O Daily Prophet faz questão de desacreditar os dois, mencionando Harry regularmente como uma pessoa que faz tudo por atenção, e Dumbledore como senil. Isso começa a mudar quando Hermione convence Rita Skeeter a escrever a história verdadeira do que aconteceu na noite em que Voldermort voltou, e o pai de uma das estudantes, dono de uma revista não muito prestigiada (The Quibbler), aceita publicar a história (Harry contou tudo, incluindo os nomes dos seguidores de Voldermort que ele viu no cemitério). Assim que a revista é publicada, Umbridge toma uma medida drástica: qualquer estudante que seja pego com a revista, será expulso. Era tudo que Hermione queria: com isso todos os estudantes fizeram questão de ler a entrevista, e muitos passaram a acreditar em Harry.
Uma das participantes do grupo de D.A. que não acredita em Harry, resolve dizer tudo sobre o grupo para...Quem sera? Umbridge. Ela não sabia que Hermione tinha colocado um feitiço na lista dos participantes, fazendo com que o que dissesse alguma coisa sobre o D.A. sofresse uma terrível transfiguração (Acne monstruoso). Felizmente Dobby consegue avisar Harry e o grupo a tempo, e todos saem correndo antes de Umbridge chegar a sala. Porém, Harry é apanhado por Malfoy no corredor, e Umbridge leva-o para o gabinete de Dumbledore, onde Fudge, dois Aurors, Percy, Professora McGonagall e a rapariga que contou á Umbridge sobre o D.A. estão. Um dos Aurors, membro da Ordem da Fénix, consegue apagar a memória da rapariga antes que ela confirme a história. Mas Umbridge mostra a lista com o nome do grupo (D.A. de Dumbledore''s Army, repito) e dos participantes que estavam na sala. Dumbledore, para proteger Harry e os seus estudantes, diz que foi tudo ideia dele (Para pior receio de Fudge) , e Fudge ordena que ele seja preso. Dumbledore enfeitiça todos e foge, e Umbridge se torna a directora de Hogwarts.
Durante toda a história Harry sente sua cicatriz doer muitas vezes, e ele consegue saber o que Voldermort está a pensar ou a sentir nesses momentos. Ele tem sonhos que na verdade são visões do que Voldermort está a fazer - num deles ele vê o Sr. Weasley sendo atacado por uma serpente (que era Voldermort), e consegue contar a Dumbledore a tempo de salvarem Mr. Weasley. O problema é que agora Voldermort sabe que existe esta ligação entre ele e Harry, e Dumbledore teme que ele tentará usar Harry para o espiar. Ele pede então a Snape para ensinar Occlumency a Harry - como fechar a mente, de modo que Voldermort não consiga entrar nela e usá-la para seu agrado.
Mas Harry não confia em Snape e continua tendo sempre um sonho assim: ele está num corredor, com várias portas fechadas, e a cada vez que ele sonha consegue passar por mais uma porta. Na verdade ele está curioso para saber o que há no final, então não dá muita atenção ás suas aulas de Occlumency. Na última aula, ele entra na Pensieve de Snape (idêntica á de A. Dumbledore) , e vê uma das suas memórias: um Snape adolescente sendo usado como alvo de mágicas de seu pai (James Potter) e seu padrinho, Sirius Black, sem nenhum motivo aparente (Lilly Potter defende Snape). Snape fica tão transtornado quando vê o que Harry estava vendo que decide não-lhe ensinar mais Occlumency , que por sua vez fica desapontado por saber que o que seu pai estava fazendo, e que era arrogante, contradizendo a feliz memória que ele tinha: a de um herói.
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